在这一系列水运项目的加速推进中，人们似乎有意无意忽略了：赤水河原本也位于长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区的核心区。
退无可退的最后屏障
“对长江上游珍稀、特有鱼类而言，赤水河就是最后的庇护所。”秦媛说，如果赤水河这条长江上游唯一无坝的一级支流失守，几代科学家和环保人士为之呼喊请命的长江珍稀、特有鱼类，将面临覆灭之灾。
在鱼类专家眼里，长江上游绝对是水生生物多样性的宝库。一份长江鱼类调查结果显示：长江共有162种特有鱼类，其中112种仅分布在长江上游水系，是世界特有鱼类分布最密集地区之一。
“三峡工程建成蓄水后，长江上游共约40种鱼类受到不利影响，约占到上游特有鱼种的40%，鱼类栖息地面积也缩小约1/4。”自然之友总干事张伯驹称，正是为了补偿三峡工程的影响，1997年，四川省建立了“长江合江—雷波段珍稀鱼类省级自然保护区”。
2000年4月，保护区升级为“长江合江—雷波段珍稀鱼类国家级自然保护区”。它承担着保护白鲟、达氏鲟、胭脂鱼等3种国家级珍稀鱼类以及圆口铜鱼等64种特有鱼类的保护任务。保护区内，分布着长江上游特有鱼类的产卵场、索饵场、越冬场和栖息地。
这一保护区，对于保护长江上游水生栖息地和水生生物多样性的重要性不容置疑。然而，就在保护区升级为国家级这一年，长江流域的水电梯级开发也已如火如荼，沿长江下游溯源而上，步步紧逼—2005年，为给位于长江上游、金沙江段的向家坝和溪洛渡水电站让路，国务院批准调整了“长江合江—雷波段珍稀鱼类国家级自然保护区”范围，更名为“长江上游珍稀、特有鱼类国家级保护区”，将长江干流上的保护区“掐头”，保护范围下移至重庆至向家坝坝下江段，另外增加了岷江干流的宜宾至月波江段、赤水河干流江段进入保护区范围。
四年后的2009年，重庆市为建小南海水电站，再次提出调整这一国家级保护区。尽管这一动议受到国内知名鱼类专家、生态学者、环保人士连续两年多的激烈反对，但2011年底，这一保护区区划边界再度被改，保护区再被“掐尾”，下游保护江段被缩短22.5公里，并规划在此江段修建水电大坝等工程。
“前两次这一保护区范围的一改再改，都是为了建水电站。”在张伯驹眼里，长江上游珍稀、特有鱼类国家级保护区近20多年的抗争，充满悲情，也是一个“示坏”的环保范例：为开发水电，长江上游的珍稀鱼类栖息地，被迫从( )退到三峡，再由三峡退到溪洛渡，由溪洛渡退到小南海，由小南海退到岷江和赤水河……
“非要将长江鱼赶尽杀绝吗？”“岷江下游保护区的实验区已在考虑建1-2个梯级水电站，现在赤水河再被航运工程偷啃一口，试想想，这个已被水电站规划和建设撕扯得支离破碎的鱼类栖息地会怎样？”张伯驹很紧张。
航运工程涉嫌突破生态红线？
答案不言而喻。在这个国家级保护区一退再退、节节失守的状况下，赤水河对保存长江上游珍稀、特有鱼类的生态重要性愈加凸显。
干流全长437.8公里的赤水河，又被民间誉为“美酒河”，以产茅台酒而着名，也因红军长征四渡赤水而载入史册。目前，在长江上游一流支流中，这是一条唯一没有筑坝、能与长江自然沟通、仍自然流淌的河流。
“在长江雷波段珍稀鱼类保护区遭破坏后，赤水河便成为长江上游特有鱼类的一个重要替代性生境，是它们重要的栖息地和产卵场，尤其是溪流鱼类。”WWF工作人员介绍，根据以往调查：在赤水河流域分布的112种鱼类中，四川华鳊、青石爬跳、白甲鱼、岩原鲤等31种长江上游特有鱼种，占到长江上游特有鱼类的30.1%。
在今年结束的长江上游联合科考中，由于受金沙江25级规划或在建梯级水电站影响，原本历史上几乎可以获取长江大部分鱼类资源的云南石鼓江段，这次科考整整一个上午，调查人员仅采到了3种共5尾鱼类标本。上游通天河内，采获的鱼类标本也少得可怜。
这次科考，尽管科考队行程逾4000多公里，但总共才采得17种长江鱼类标本，其中还包括2个外来种，1个外来变种。其科考结论认为：长江上游鱼类资源已濒临崩溃。
同样，整个长江干流的渔业资源亦不容乐观。长江渔业资源管理委员会曾监测，长江久负盛名的四大家鱼(草鱼、青鱼、鲢鱼、鳙鱼)在三峡大坝建成蓄水后，鱼苗发生量急剧下降，2004-2006年平均每年的鱼苗发生量与2003年蓄水前相比，骤减了90%。
让秦媛印象较深的是：12天的科考途中，仅在赤水河进行鱼类资源调查时，调查人员能一次性采到11种、近60尾鱼类标本。“虽然与90年代相比，该江段渔获物的优势种已发生变化、主要渔获物的规格已变小、还出现了外来种等新情况，但这一江段的生态系统仍相对保持完整，相当难得。”秦介绍。
当得知赤水河航道扩能工程悄悄运作后，秦媛短暂的惊喜很快被焦虑取代。“赤水河是干流保护一再失守情况下划定的底线保护范围，是生态红线中的红线，这些工程都未见公开的环评报告，怎么能肆意突破生态红线？”秦媛认为，相对于长江干流，支流河段的生态敏感性和脆弱性更高，一旦造成破坏，修复几无可能。
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