经多年发展完善，我国远洋渔业已基本建立了与国际渔业管理规则相适应的管理制度，构建了从远洋渔船出境、海上生产至渔获回运的全程监管体系，对保障远洋渔业持续健康发展、全面提高履行国际条约能力、严格执行国家有关政策等提供了有力制度保障。
远洋渔业是在公海和他国管辖水域从事渔业资源开发的活动，专业性和涉外性强、从业风险大、国际管制严格，完善远洋渔业管理制度，进一步强化监管手段建设，关系到远洋渔业健康有序发展、关系到履行国际义务和树立良好国际形象，也关系到严格执行国家有关扶持政策等。
据了解，我国远洋渔业已建立起三大基本管理制度，即远洋渔业项目审批和资格认定、远洋渔业项目和企业资格年审和远洋渔业行业自律协调机制。根据《渔业法》和《远洋渔业管理规定》，从事远洋渔业的企业应向省级渔业主管部门提出申请，经农业部批准后方可实施。对于项目正常实施、未发生违法违规事件的企业，授予远洋渔业企业资格。
为加强事后监管，农业部对远洋渔业项目实施年度审查，通过渔船检验、船位监测和驻外使领馆等方式核实渔船境外生产情况，对项目正常实施的远洋渔业项目可予延续，对渔船未正常生产、发生严重涉外违规事件或存在其他重大问题的项目企业，农业部将视情给予处罚。另外，两个以上远洋渔业企业在同一国家（地区）或海域作业，或从事同品种、同类型作业，应当建立自我协调机制和自律机制。
国家对远洋渔业实行动态监管，主要措施包括渔船船位监测、标准化渔捞日志、远洋渔业国家观察员和合法捕捞证明等制度。远洋渔船船位监测系统是对远洋渔船实施的最直接有效的技术管理手段。农业部从2007年开始逐步实施远洋渔船船位监测制度，2012年1月出台了《远洋渔船船位监测管理暂行办法》，规定所有远洋渔船必须安装船位监测设备并纳入农业部远洋渔船船位监测系统，农业部实时监测渔船船位，并将船位监测情况作为享受国家优惠政策的主要依据。不按规定报告船位信息的，一律暂停远洋渔业项目并扣减政策性补贴。
为收集标准化渔捞信息、全面掌握渔船生产情况，农业部制定了金枪鱼、鱿鱼和竹荚鱼等大宗捕捞品种的标准化渔捞日志，规定渔船必须准确填写渔捞日志并上交渔业主管部门。为履行有关国际公约、加强远洋渔业监管，农业部已开始向金枪鱼延绳钓船、大型拖网加工船、南极磷虾捕捞渔船等大型公海作业渔船派驻国家观察员，代表主管部门在生产一线进行科研、管理、履约等数据信息收集工作。
同时，为防止非法渔获流入中国市场，从2010年开始，我国对蓝鳍、大目金枪鱼和剑鱼、南极犬牙鱼等高价值捕捞产品进口实行合法捕捞产品通关证明制度，这是将市场准入制度与海洋渔业资源养护相结合的渔业管理措施，对全球打击非法渔业活动、促进渔业资源可持续利用做出了积极贡献。
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