EM菌在水产养殖上主要有两种使用方式：一是投入水中，可利用水中的硫化氢、有机酸、氨及氨基酸兼有反硝化作用消除水中的亚硝酸铵，能抑制病原微生物和有害物质，调整养殖生态环境，改善水质，保持养殖水体的生态平衡；二是拌饵投喂，可增强鱼类的吸收功能和防病抗逆能力，促进健康生长。其主要应用有如下三种：
一、应用于池塘养鱼
1、水质改良：在放养前3d，用EM菌100倍稀释液泼洒水面。放养后，视水质情况，每10-15d使用1次，用量为2-3ml/m3。
2、拌饲投喂：由于鱼饲料为颗粒状，可用200倍的EM菌原液稀释液喷洒饵料，喷湿为度，现配现喂，以免散开。
3、有机肥和粪便的处理：要投入水体的有机肥（青草液肥）和粪便应先用EM菌原液处理，发酵后方可投入水面。
4、预防浮头：如出现鱼浮头和泛塘现象，可用EM菌原液稀释液均匀泼洒水面，3-5h可好转，鱼恢复正常。此后可隔1-2d再泼1次。
二、应用于网箱养鱼
用海绵等蜂窝状的物体在EM菌原液的混合液（用1%的红糖水溶液稀释10倍左右）中浸泡24h，再悬挂在网箱中间，通过鱼的游动使EM菌原液不断地扩散，EM菌原液悬挂物7d左右更换1次，可使网箱的水体环境完全改观。
三、应用于特种水产养殖
1、环境处理：在池塘放水前1周，用100倍的EM菌稀释液代替石灰等均匀喷洒塘底，净化环境。放养前3d，用EM菌原液稀释液泼洒水面，用量为5 ml/m3。以后每10-15d使用一次。水质较差时可适当加大用量或缩短间隔使用时间。
2、调节水质的方法（鳗池）：高密度换水的水池，不宜直接均匀泼入，而应泼在增氧机边或进水口，使EM菌原液微生物不断流动扩散。
3、鱼饲料的加工：把EM菌原液加清水兑成100倍稀释液后，与粉状的饲料一起搅拌均匀，成团状饲喂。
4、食台处理：每次投饲前要检查食台，用200-500倍的EM菌原液稀释液净化食台、清扫食台残饲。
5、水产品保鲜：每隔1-2d喷洒一次500倍的EM菌原液稀释液，可有效延长水产品活鲜期。
四、注意事项
1、EM菌种发酵液不要与化学药剂同时混用。若混用造成池水变臭，要立即换水，再按技术要求用EM菌种发酵液拌料投喂和稀释液喷洒。
2、EM菌种发酵液饲料须保持新鲜，喂养时即配即喂，混合1 次喂1d，全部喂完，如有剩余应密封保存，防止变质。
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